El SELA sostiene un convenio de cooperación con la Iglesia Evangélica Presbiteriana y Evangélica del Perú, el mismo que se renueva cada dos años, por razón de que la iglesia cambia cada dos años sus representantes nacionales. Este tipo de convenios permite al SELA, un contacto más real y cercano con la iglesia, permitiendo que la iglesia tenga facilidades mediante la provisión de becas de estudio para sus futuros líderes, también sirve para asegurar un trato fraterno de contribución al ministerio sin generar interferencias. Hemos fortalecido el área de prácticas ministerial en convenio con diferentes congregaciones y denominaciones a nivel nacional, que permite al estudiante tener mayor compromiso práctico con la iglesia